La nivelul tractului digestiv, Saccharomyces boulardii are proprietăți similare cu cele ale florei intestinale normale, mulțumită culturilor active naturale din drojdie.

Saccharomyces boulardii este o drojdie probiotică care supraviețuiește acidului stomacal și colonizează tractul intestinal. Promovează sănătatea tractului intestinal, contribuie la încurajarea unui echilibru sănătos al florei intestinale și susține un răspuns intestinal echilibrat la factorii de stres normali interni și de mediu. Saccharomyces boulardii s-a dovedit, de asemenea, că susține funcția gastro-intestinală adecvată în timpul întreruperilor temporare ale echilibrului florei intestinale, protejează intestinul împotriva efectelor toxice ale microorganismelor patogene ce provoacă diareea şi duce la eliminarea acestora din intestin. Saccharomyces boulardii au capacitatea de a se lega de bacteriile patogene, cum ar fi E. coli, prevenind aderarea acestora la celulele intestinale, astfel patogenii legaţi sunt eliminaţi din intestin şi nu au posibilitatea de a secreta toxine. Acestea ajută la creșterea nivelului de apărare imunitară în intestin prin stimularea producției de imunoglobuline A secretoare (IgA). Se poate spune că este unul dintre cele mai bune produse biologice naturale de astăzi, care este absolut sigur și foarte eficient pentru tratarea diareei la copii.

Probioticele, în special bacterii benefice precum Saccharomyces, Lactobacillus și Bifidobacterium, sunt esențiale pentru sănătatea sistemului digestiv al copiilor. Probioticele sunt o combinație de bacterii benefice vii și/sau drojdii care trăiesc în mod natural în corpul uman. Rolul probioticelor este foarte important: creează un filtru intestinal protector împotriva microbilor neprietenoși, țin infecțiile din organism la distanță, ajută sistemul imunitar, previn tulburările gastro-intestinale și dezechilibrele care pot conduce la infecții vaginale și urinare recurente, reglează tranzitul intestinal și limitează simptomele din sindromul de colon iritabil.

Inulina este o fibră alimentara prebiotica, un tip de carbohidrat care nu este digerata în corp, dar este folosit ca hrană de către bacteriile "bune" ale intestinului. Tot ea este cea care creste de asemenea și absorbția calciului și, posibil cea a magneziului, fiind promotor al creșterii unei flore intestinale sânâtoase.